การนำคดีภาษีอากรขึ้นสู่ศาลภาษีอากรจะต้องเป็นกรณีดังที่ระบุไว้ใน พ.ร.บ. จัดตั้งศาลภาษีอากรฯ มาตรา 7 (1)-(5) เฉพาะคดีตามมาตรา 7 (1) และ(3) กฎหมายยังได้ก าหนดเงื่อนไขในการน าคดีขึ้นสู่ศาลภาษีอากรไว้อีกว่าหากมิได้เป็นไปตามเงื่อนไขที่ระบุไว้มีผลเท่ากับเป็นการน าคดีขึ้นสู่ศาลภาษีอากรโดยไม่มีอำนาจฟ้อง คือ
- กรณีอุทธรณ์คำวินิจฉัยของเจ้ำพนักงำนหรือคณะกรรมกำรตำมกฎหมำยเกี่ยวกับภำษีอำกร ตามมำตรำ 7 (1) เมื่อกฎหมายเกี่ยวกับภาษีอากรบัญญัติให้คัดค้านหรืออุทธรณ์คำสั่งหรือคำวินิจฉัยต่อเจ้าพนักงานหรือคณะกรรมการตามหลักเกณฑ์ วิธีการและระยะเวลาที่ก าหนดไว้จะฟ้องคดีในศาลภาษีอากรได้ต่อเมื่อได้มีการปฏิบัติตามหลักเกณฑ์ วิธีการ และระยะเวลาเช่นว่านั้น และได้มีการวินิจฉัยชี้ขาดคำคัดค้านหรือคำอุทธรณ์นั้นเสร็จสิ้นแล้ว (พ.ร.บ.จัดตั้งศาลภาษีอากรและวิธีพิจารณาคดีภาษีอากร พ.ศ.2528 มาตรา 8 ) ตัวอย่างเช่น
ภาษีเงินได้บุคคลธรรมดา ภาษีเงินได้นิติบุคคล ภาษีมูลค่าเพิ่ม ภาษีธุรกิจเฉพาะ และอากรแสตมป์ตามประมวลรัษฎากร ต้องยื่นอุทธรณ์ต่อคณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์ภายใน 30 วันนับแต่วันที่ได้รับแจ้งการประเมิน (ป.รัษฎากร มาตรา 30)
ภาษีศุลกากร ยื่นอุทธรณ์การประเมินต่อคณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์ ภายใน 30 วัน นับแต่วันได้รับแจ้งการประเมิน (พ.ร.บ. ศุลกากร พ.ศ. 2469 มาตรา 112 ฉ (บัญญัติเพิ่มเติมโดย พ.ร.บ. ศุลกากร (ฉบับที่ 17) พ.ศ. 2543)
ภาษีสรรพสามิต ยื่นคัดค้านการประเมินต่ออธิบดีกรมสรรพสามิตภายใน 45 วันนับแต่วันได้รับแจ้งการประเมิน(พ.ร.บ. ภาษีสรรพสามิต พ.ศ. 2527 ม.86) และถ้าผู้ยื่นค าคัดค้านยังไม่พอใจ มีสิทธิอุทธรณ์คำวินิจฉัยต่อคณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์ภายใน 45 วัน นับแต่ได้รับแจ้งค าวินิจฉัย(พ.ร.บ. ภาษีสรรพสามิต พ.ศ. 2527 มาตรา 89)
ภาษีโรงเรือนและที่ดิน ยื่นคำร้องขอให้พิจารณาการประเมินใหม่ต่อคณะเทศมนตรีคณะกรรมการสุขาภิบาลผู้ว่าราชการจังหวัด หรือผู้ว่าราชการกรุงเทพมหานคร ซึ่งทรัพย์สินนั้นตั้งอยู่ภายใน 15 วันนับแต่ได้รับแจ้งการประเมิน (พ.ร.บ. ภาษีโรงเรือนและที่ดิน พ.ศ. 2475 มาตรา 26)
ข้อสังเกต คดีภาษีโรงเรือนและที่ดิน ก่อนยื่นคำฟ้องต่อศาลผู้รับการประเมินต้องช าระค่าภาษีให้เสร็จสิ้นครบถ้วนเสียก่อน มิฉะนั้นศาลจะไม่รับคำฟ้อง
ภาษีบำรุงท้องที่ยื่นอุทธรณ์การประเมินต่อผู้ว่าราชการจังหวัด ภายใน 30 วันนับแต่วันได้รับแจ้งการประเมิน (พ.ร.บ. ภาษีบ ารุงท้องที่ พ.ศ. 2508 มาตรา 49)
2.ภาษีป้าย ยื่นอุทธรณ์การประเมินต่อผู้บริหารท้องถิ่นหรือผู้ซึ่งผู้บริการท้องถิ่นมอบหมายภายใน 30 วันนับแต่วันได้รับแจ้งการประเมิน (พ.ร.บ. ภาษีป้าย พ.ศ. 2510 มาตรา 30) กรณีตัวอย่างดังกล่าว หากไม่พอใจในค าวินิจฉัยอุทธรณ์หรือค าชี้ขาด สามารถอุทธรณ์โดยฟ้องต่อศาลได้ภายใน 30 วันนับแต่วันได้รับแจ้งค าวินิจฉัยอุทธรณ์หรือคำชี้ขาด
