ขั้นตอนและกระบวนการดำเนินคดีอาญา แบ่งเป็น 3 ขั้นตอน ได้แก่
1. ก่อนการพิจารณาคดีในศาล
2.ระหว่างการพิจารณาคดีในศาล
3.หลังการพิจารณาคดี
1.ขั้นตอนแรก ก่อนการพิจารณาคดีในศาล
โดยเริ่มจาก เมื่อมีการกระทำความผิดเกิดขึ้น ก็จะมีการเริ่มดำเนินคดีเกิดขึ้น โดยแยกเป็น การดำเนินคดีอาญาโดยราษฎร และการดำเนินคดีอาญาโดยรัฐ
1.1 การดำเนินคดีอาญาโดยราษฎร เริ่มจากเมื่อมีการกระทำความผิดเกิดขึ้น ราษฎรซึ่งเป็นผู้เสียหายเริ่มต้นด้วยการร้องทุกข์ต่อพนักงานสอบสวน จากนั้นเจ้าพนักงานนั้นก็จะจัดทำบันทึกคำร้องทุกข์ แล้วพนักงานสอบสวนก็จะเริ่มทำการสอบสวนและสรุปสำนวนเสนออัยการเพื่อสั่งคดี อันนำไปสู่การฟ้องร้องดำเนินคดีในศาลต่อไป
1.2 ผู้เสียหายอาจเลือกฟ้องคดีเอง กรณีฟ้องคดีเองนั้น ผู้เสียหายสามารถแต่งตั้งทนายความเพื่อให้ดำเนินการร่างคำฟ้องและฟ้องคดีต่อศาลได้โดยตรง ขั้นตอนต่อจากนั้นก็จะเป็นกระบวนการดำเนินคดีในชั้นศาลต่อไป
การดำเนินคดีอาญาโดยรัฐ แยกได้เป็น 2 ประเภท คือ คดีที่เป็นความผิดต่อส่วนตัว และคดีอาญาแผ่นดิน
ซึ่งคดีที่เป็นความผิดต่อส่วนตัว เช่น ความผิดฐานฉ้อโกง ยักยอก หรือหมิ่นประมาท รัฐไม่สามารถเริ่มคดีได้เอง การเริ่มดำเนินคดีจะต้องมีการร้องทุกข์จากผู้เสียหายก่อน จากนั้นพนักงานสอบสวนจึงจะมีอำนาจสอบสวน และอัยการจึงจะมีอำนาจฟ้องคดีต่อศาล
แต่ถ้าเป็นความผิดอาญาแผ่นดิน รัฐสามารถดำเนินคดีได้เองโดยลำพัง ไม่ว่าจะมีคำร้องทุกข์ กล่าวโทษ จากบุคคลใดหรือไม่ก็ตาม โดยพนักงานสอบสวนสามารถเริ่มทำการสอบสวนได้เอง ทั้งนี้ โดยอาศัยอำนาจจากบทบัญญัติ มาตรา 121 วรรคแรก แห่งประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความอาญา ทั้งนี้ในการดำเนินคดีอาญาในชั้นนี้ก็จะมีบทบัญญัติของกฎหมายที่กำหนดถึงสิทธิของผู้ต้องหา และอำนาจหน้าที่ของเจ้าพนักงานตำรวจ เช่น บทบัญญัติที่เกี่ยวกับการดำเนินการตามหมายเรียกและหมายอาญา การจับกุม การขัง และการค้น รวมถึงบทบัญญัติเรื่องอำนาจหน้าที่ของพนักงานสอบสวนและขั้นตอนรวมทั้งวิธีการสอบสวน
ซึ่งเมื่อพนักงานสอบสวนทำการสอบสวนเสร็จสิ้นก็จะสรุปสำนวนทำความเห็นเสนอพนักงานอัยการต่อไป พนักงานอัยการที่รับสำนวนมาก็จะทำความเห็นว่าสั่งฟ้องหรือสั่งไม่ฟ้อง หรือสั่งให้สอบสวนเพิ่มเติม แล้วแต่กรณี ถ้าสั่งฟ้อง ก็จะมีการฟ้องคดีต่อศาลต่อไป แต่ถ้าสั่งไม่ฟ้องและคำสั่งนั้นไม่ใช่คำสั่งของอัยการสูงสุด ก็จะมีขั้นตอนที่จะต้องส่งสำนวนพร้อมคำสั่งไปให้ผู้บัญชาการตำรวจแห่งชาติหรือรองฯสำหรับกรุงเทพมหานคร แต่ถ้าเป็นจังหวัดอื่นก็ต้องส่งไปให้ผู้ว่าราชการจังหวัด ถ้าผู้บัญชาการตำรวจหรือรองฯ หรือผู้ว่าฯเห็นด้วย คำสั่งไม่ฟ้องคดีก็เป็นอันเด็ดขาด แต่ถ้าผู้บัญชาการตำรวจหรือรองฯ หรือผู้ว่าฯ ทำความเห็นแย้ง ไม่เห็นด้วยกับคำสั่งดังกล่าว ก็ต้องเสนอเรื่องไปให้อัยการสูงสุดชี้ขาดต่อไป
2.ขั้นตอนการดำเนินกระบวนพิจารณาคดีในชั้นศาล
ถ้าเป็นการดำเนินคดีอาญาโดยราษฎร จะต้องมีการไต่สวนมูลฟ้องก่อน หากไต่สวนแล้วคดีมีมูลศาลจึงจะประทับรับฟ้องคดี แล้วดำเนินคดีต่อไป แต่ถ้าไต่สวนมูลฟ้องแล้วศาลเห็นว่าคดีไม่มีมูล ก็จะพิพากษายกฟ้อง ซึ่งราษฎรที่เป็นโจทก์ก็อาจอุทธรณ์ฎีกาคำพิพากษานั้นได้ต่อไป
แต่ในส่วนการดำเนินคดีอาญาโดยพนักงานอัยการ ศาลไม่จำต้องให้ไต่สวนมูลฟ้องก่อน โดยศาลสามารถประทับรับฟ้องได้เลย (แต่ถ้าเป็นคดีที่อยู่ในเขตอำนาจของศาลแขวงการดำเนินคดีอาญาก็จะมีขั้นตอนการดำเนินคดีาญาในศาลแขวง หรือคดีทุจริตและประพฤติมิชอบที่อยู่ในเขตอำนาจของศาลอาญาคดีทุจริตและประพฤติมิชอบก็จะมีขั้นตอนการดำเนินคดีที่แตกต่างออกไป
จากนั้นก็มาสู่ขั้นตอนการพิจารณาคดี โดยมาตรา 172 แห่งประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความอาญา กำหนดไว้ว่า ” การพิจารณาและสืบพยานในศาล ให้ทำโดยเปิดเผยต่อหน้าจำเลย เว้นแต่บัญญัติไว้เป็นอย่างอื่น” และวรรคสอง “เมื่อโจทก์หรือทนายโจทก์และจำเลยมาอยู่ต่อหน้าศาลแล้ว และศาลเชื่อว่าเป็นจำเลยจริง ให้อ่านและอธิบายฟ้องให้จำเลยฟัง และถามว่าได้กระทำผิดจริงหรือไม่ จะให้การต่อสู้อย่างไรบ้าง คำให้การของจำเลยให้จดไว้ ถ้าจำเลยไม่ยอมให้การ ก็ให้ศาลจดรายงานไว้และดำเนินการพิจารณาต่อไป” คือโดยหลักแล้วการดำเนินคดีอาญาในศาลต้องกระทำโดยเปิดเผยต่อหน้าจำเลย และต้องให้จำเลยทราบข้อความที่ถูกฟ้อง จากนั้นจึงจะถามคำให้การจำเลย ซึ่งเป็นสิทธิของจำเลยที่จะให้การหรือไม่ให้การก็ได้ และในกรณีที่คดีที่มีอัตราโทษจำคุก หรือคดีที่จำเลยมีอายุไม่เกินสิบแปดปีในวันที่ถูกฟ้องต่อศาล ก่อนเริ่มพิจารณาคดี ศาลต้องถามจำเลยเรื่องทนายความก่อนว่ามีทนายความหรือไม่ ศาลจะข้ามขั้นตอนไปถามคำให้การเลยไม่ได้ ต่อมาเมื่อมีการถามคำให้การเรียบร้อยแล้ว ก็จะมีการเริ่มต้นดำเนินกระบวนพิจารณาคดี โดยการกำหนดวันนัดสืบพยาน และทำการสืบพยานหลักฐานต่อไป โดยโจทก์ก็ต้องนำพยานหลักฐานเข้าสืบ ส่วนจำเลยก็นำพยานหลักฐานเข้าสืบต่อมา เมื่อสืบพยานหลักฐานเสร็จสิ้นแล้ว ศาลก็จะทำคำพิพากษาคดีต่อไป ซึ่งในการพิจารณาคดีนั้นหากปรากฏข้อเท็จจริงว่าสิทธินำคดีอาญามาฟ้องระงับไปแล้ว ศาลจะต้องสั่งจำหน่ายคดี ในส่วนคดีเมื่อศาลพิพากษาแล้ว โจทก์หรือจำเลยฝ่ายใดไม่เห็นด้วย ก็สามารถอุทธรณ์ฎีกาต่อศาลสูงได้ต่อไปตามลำดับ สำหรับการอุทธรณ์ฎีกาก็อาจมีบทบัญญัติเรื่องการจำกัดสิทธิในเรื่องอุทธรณ์ฎีกา
ทั้งนี้ ในการฟ้องร้องและดำเนินคดีอาญาหากมีคดีแพ่งเกี่ยวเนื่องกับคดีอาญา กฎหมายกำหนดให้พนักงานอัยการหรือผู้เสียหายสามารถฟ้องคดีแพ่งที่เกี่ยวเนื่องกับคดีอาญาต่อศาลซึ่งพิจารณาคดีอาญาหรือผู้เสียหายจะเลือกฟ้องต่อศาลที่มีอำนาจชำระคดีแพ่งก็ได้
3.ขั้นตอนภายหลังการพิจารณาคดีในศาล
เป็นขั้นตอนการบังคับตามคำพิพากษา โดยกรณีที่ศาลพิพากษาว่าจำเลยมีความผิด และกำหนดโทษอย่างใดอย่างหนึ่ง ได้แก่ ประหารชีวิต,จำคุก,กักขัง,ปรับ หรือริบทรัพย์สิน และคดีถึงที่สุด ต่อมาก็จะต้องมีการบังคับตามคำพิพากษานั้น ซึ่งกรณีที่โดยประหารชีวิต ก็จะมีขั้นตอนที่จำเลยสามารถขออภัยโทษได้ ส่วนถ้าถูกพิพากษาจำคุก ก็จะต้องถูกจำคุกในเรือนจำ ต่อไป สำหรับกรณีอื่นก็ต้องมีการบังคับให้เป็นไปตามคำพิพากษานั้น อย่างไรก็ตาม แม้จะมีคำพิพากษาถึงที่สุดและเป็นขั้นตอนบังคับตามคำพิพากษาแล้วก็ตาม หากปรากฏข้อเท็จจริงขึ้นใหม่ว่าบุคคลซึ่งต้องรับโทษนั้นมิใช่ผู้กระทำผิด บุคคลนั้นหรือบุคคลอื่นผู้มีสิทธิก็สามารถยื่นคำร้องขอให้มีการรื้อฟื้นคดีอาญาขึ้นพิจารณาใหม่ได้ ซึ่งศาลก็จะทำการไต่สวนคำร้องถ้าศาลเห็นด้วยก็จะให้มีการรื้อฟื้นคดีอาญาขึ้นพิจารณาคดีใหม่ ซึ่งถ้าในที่สุดปรากฏตามที่ได้พิจารณาคดีใหม่ว่าบุคคลที่รับโทษนั้นไม่ใช่ผู้กระทำผิด ก็จะมีมาตรการเยียวยาให้แก่บุคคลนั้นตามกฎหมายต่อไป
